Las amígdalas están situadas en la parte posterior de la garganta y están formadas por tejido linfoide, que es el que produce anticuerpos para combatir las bacterias.
Son una barrera protectora contra las infecciones, y desempeñan un papel importante en la defensa del organismo contra las bacterias y los virus.
Junto con las adenoides y las amígdalas linguales, forman parte del anillo de Waldeyer, que está compuesto por este tejido linfoide, formando una barrera protectora contra las infecciones.
Cuando las amígdalas se infectan, suelen aumentar de tamaño y volverse grandes y rojas, o a veces con manchas blancas, lo que provoca dolor al tragar y fiebre.

En otras ocasiones suelen estar llenas de manchas blancas llamadas caseum, o tonsilolitos, y se acumulan en las criptas de las amígdalas. Suelen causar halitosis (mal aliento), y están compuestos por restos de comida y bacterias.
En la mayoría de los casos, el caseum suele desaparecer por sí solo, y no es necesario acudir al médico. Pero cuando la halitosis persiste, y las molestias como el dolor de garganta, el picor, existen varias técnicas para eliminarlos, desde las más sencillas, como un bastoncillo de algodón húmedo para curar el caseum y eliminarlo, hasta técnicas de láser o radiofrecuencia para sellar la cripta, y así evitar que el caseum se vuelva a llenar, o incluso técnicas más radicales, como la extirpación de la amígdala.